Home or other PDB ID
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Selection mode
 
 
 
 
 
 
Conformers: ABBIImiBZICOPNSYNN
Click the Summary/Torsions/Similar/... tabs for more details.
NMR Structure of the U3 RNA G-quadruplex

Results of the assignment of 220 detected steps in 10 model(s), can be also downloaded as csv or json file. Average confal 0, percentile 0.

Your browser does not support the HTML5 canvas tag.
Your browser does not support the HTML5 canvas tag.
Click a row in table or a step in viewer for analysis of results. Click column headers to sort data.
Define restraints for steps within Å cartesian RMSD, global sigma scaling factor or use per step sigma scaling.
step numberStep nameCANANtCconfalrmsd
0017ps8-m10_A_C1_A2NANNANT01.15 OP22
0027ps8-m1_A_C1_A2NANNANT01.29 BB07
0037ps8-m2_A_C1_A2NANNANT01.32 BB07
0047ps8-m3_A_C1_A2NANNANT02.33 IC03
0057ps8-m4_A_C1_A2NANNANT02.31 IC03
0067ps8-m5_A_C1_A2NANNANT02.46 IC04
0077ps8-m6_A_C1_A2NANNANT02.34 IC03
0087ps8-m7_A_C1_A2NANNANT01.37 BB07
0097ps8-m8_A_C1_A2NANNANT01.30 BB07
0107ps8-m9_A_C1_A2NANNANT02.34 IC03
0117ps8-m10_A_A2_G3NANNANT01.67 OP24
0127ps8-m1_A_A2_G3NANNANT01.55 OP24
0137ps8-m2_A_A2_G3NANNANT01.59 OP24
0147ps8-m3_A_A2_G3NANNANT01.66 BA16
0157ps8-m4_A_A2_G3NANNANT01.70 BA16
0167ps8-m5_A_A2_G3NANNANT01.61 BA16
0177ps8-m6_A_A2_G3NANNANT01.69 BA16
0187ps8-m7_A_A2_G3NANNANT01.62 OP24
0197ps8-m8_A_A2_G3NANNANT01.65 OP24
0207ps8-m9_A_A2_G3NANNANT01.67 BA16
0217ps8-m10_A_G3_G4AAwAA01500.35 AA01
0227ps8-m1_A_G3_G4AAwAA01230.42 AA01
0237ps8-m2_A_G3_G4AAwAA01300.37 AA01
0247ps8-m3_A_G3_G4AAwAA01210.40 AA01
0257ps8-m4_A_G3_G4AAwAA01270.34 AA01
0267ps8-m5_A_G3_G4AAwAA01250.41 AA01
0277ps8-m6_A_G3_G4AAwAA01260.41 AA01
0287ps8-m7_A_G3_G4AAwAA01340.34 AA01
0297ps8-m8_A_G3_G4AAwAA01200.39 AA01
0307ps8-m9_A_G3_G4AAwAA01260.44 AA01
0317ps8-m10_A_G4_G5NANNANT00.56 AA01
0327ps8-m1_A_G4_G5NANNANT00.45 AA01
0337ps8-m2_A_G4_G5NANNANT00.60 AA01
0347ps8-m3_A_G4_G5NANNANT00.82 IC03
0357ps8-m4_A_G4_G5NANNANT00.78 IC03
0367ps8-m5_A_G4_G5NANNANT00.82 IC03
0377ps8-m6_A_G4_G5NANNANT00.85 IC03
0387ps8-m7_A_G4_G5NANNANT00.54 AA10
0397ps8-m8_A_G4_G5NANNANT00.56 AA01
0407ps8-m9_A_G4_G5NANNANT00.80 IC03
0417ps8-m10_A_G5_A6NANNANT00.65 OP18
0427ps8-m1_A_G5_A6NANNANT00.64 OP18
0437ps8-m2_A_G5_A6NANNANT00.61 OP18
0447ps8-m3_A_G5_A6NANNANT00.66 OP18
0457ps8-m4_A_G5_A6NANNANT00.63 OP18
0467ps8-m5_A_G5_A6NANNANT00.50 OP18
0477ps8-m6_A_G5_A6NANNANT00.59 OP18
0487ps8-m7_A_G5_A6NANNANT00.54 OP18
0497ps8-m8_A_G5_A6NANNANT00.61 OP18
0507ps8-m9_A_G5_A6NANNANT00.65 OP18
0517ps8-m10_A_A6_G7NANNANT01.06 OP22
0527ps8-m1_A_A6_G7NANNANT01.14 OP22
0537ps8-m2_A_A6_G7NANNANT01.18 OP22
0547ps8-m3_A_A6_G7NANNANT01.41 BB14
0557ps8-m4_A_A6_G7NANNANT01.34 BB14
0567ps8-m5_A_A6_G7NANNANT01.57 AB02
0577ps8-m6_A_A6_G7NANNANT01.53 AB02
0587ps8-m7_A_A6_G7NANNANT01.23 OP22
0597ps8-m8_A_A6_G7NANNANT01.19 OP22
0607ps8-m9_A_A6_G7NANNANT01.41 BB14
0617ps8-m10_A_G7_G8NANNANT00.98 BB16
0627ps8-m1_A_G7_G8NANNANT01.07 BB16
0637ps8-m2_A_G7_G8NANNANT01.05 BB16
0647ps8-m3_A_G7_G8NANNANT00.86 BB16
0657ps8-m4_A_G7_G8NANNANT00.90 BB16
0667ps8-m5_A_G7_G8NANNANT00.79 BB16
0677ps8-m6_A_G7_G8NANNANT00.77 BB16
0687ps8-m7_A_G7_G8NANNANT01.06 BB16
0697ps8-m8_A_G7_G8NANNANT01.04 BB16
0707ps8-m9_A_G7_G8NANNANT00.94 BB16
0717ps8-m10_A_G8_U9NANNANT01.36 OP08
0727ps8-m1_A_G8_U9NANNANT01.33 OP08
0737ps8-m2_A_G8_U9NANNANT01.29 OP08
0747ps8-m3_A_G8_U9NANNANT00.95 IC07
0757ps8-m4_A_G8_U9NANNANT00.95 IC07
0767ps8-m5_A_G8_U9NANNANT01.02 IC07
0777ps8-m6_A_G8_U9NANNANT01.04 IC07
0787ps8-m7_A_G8_U9NANNANT01.30 OP08
0797ps8-m8_A_G8_U9NANNANT01.26 OP08
0807ps8-m9_A_G8_U9NANNANT01.12 BB2S
0817ps8-m10_A_U9_G10NANNANT01.81 ZZS2
0827ps8-m1_A_U9_G10NANNANT01.83 ZZS2
0837ps8-m2_A_U9_G10NANNANT01.84 ZZS2
0847ps8-m3_A_U9_G10NANNANT01.88 ZZS2
0857ps8-m4_A_U9_G10NANNANT01.82 ZZS2
0867ps8-m5_A_U9_G10NANNANT01.90 ZZS2
0877ps8-m6_A_U9_G10NANNANT01.92 ZZS2
0887ps8-m7_A_U9_G10NANNANT01.80 ZZS2
0897ps8-m8_A_U9_G10NANNANT01.89 ZZS2
0907ps8-m9_A_U9_G10NANNANT01.90 ZZS2
0917ps8-m10_A_G10_U11NANNANT01.20 BB07
0927ps8-m1_A_G10_U11NANNANT01.29 BA17
0937ps8-m2_A_G10_U11NANNANT01.19 BB07
0947ps8-m3_A_G10_U11NANNANT01.11 BA17
0957ps8-m4_A_G10_U11NANNANT01.08 BA17
0967ps8-m5_A_G10_U11NANNANT01.05 BA17
0977ps8-m6_A_G10_U11NANNANT01.17 BA17
0987ps8-m7_A_G10_U11NANNANT01.14 BB07
0997ps8-m8_A_G10_U11NANNANT01.19 BB07
1007ps8-m9_A_G10_U11NANNANT01.14 BB20
1017ps8-m10_A_U11_G12NANNANT01.48 OP26
1027ps8-m1_A_U11_G12NANNANT01.90 AA12
1037ps8-m2_A_U11_G12NANNANT01.43 OP26
1047ps8-m3_A_U11_G12NANNANT01.92 AB2S
1057ps8-m4_A_U11_G12NANNANT01.92 AB2S
1067ps8-m5_A_U11_G12NANNANT01.93 AB2S
1077ps8-m6_A_U11_G12NANNANT01.95 AB2S
1087ps8-m7_A_U11_G12NANNANT01.41 OP26
1097ps8-m8_A_U11_G12NANNANT01.48 OP26
1107ps8-m9_A_U11_G12NANNANT01.04 BB20
1117ps8-m10_A_G12_G13NANNANT00.89 OP08
1127ps8-m1_A_G12_G13NANNANT00.79 OP08
1137ps8-m2_A_G12_G13NANNANT00.91 OP08
1147ps8-m3_A_G12_G13NANNANT01.48 AB02
1157ps8-m4_A_G12_G13NANNANT01.36 AB02
1167ps8-m5_A_G12_G13NANNANT01.43 AB02
1177ps8-m6_A_G12_G13NANNANT01.36 AB02
1187ps8-m7_A_G12_G13NANNANT00.85 OP08
1197ps8-m8_A_G12_G13NANNANT00.79 OP08
1207ps8-m9_A_G12_G13NANNANT02.71 OP01
1217ps8-m10_A_G13_C14NANNANT00.79 AA05
1227ps8-m1_A_G13_C14NANNANT00.98 BB03
1237ps8-m2_A_G13_C14NANNANT00.89 AA05
1247ps8-m3_A_G13_C14NANNANT01.48 AA11
1257ps8-m4_A_G13_C14NANNANT01.45 AA11
1267ps8-m5_A_G13_C14NANNANT01.48 AA11
1277ps8-m6_A_G13_C14NANNANT01.40 AA11
1287ps8-m7_A_G13_C14NANNANT00.86 AA05
1297ps8-m8_A_G13_C14NANNANT01.09 BB03
1307ps8-m9_A_G13_C14NANNANT01.57 OP29
1317ps8-m10_A_C14_C15NANNANT01.07 AA04
1327ps8-m1_A_C14_C15NANNANT01.03 AA04
1337ps8-m2_A_C14_C15NANNANT01.13 AA04
1347ps8-m3_A_C14_C15NANNANT01.27 AB04
1357ps8-m4_A_C14_C15NANNANT01.23 AB04
1367ps8-m5_A_C14_C15NANNANT01.18 AB04
1377ps8-m6_A_C14_C15NANNANT01.15 AB04
1387ps8-m7_A_C14_C15NANNANT01.10 AA04
1397ps8-m8_A_C14_C15NANNANT01.05 AA04
1407ps8-m9_A_C14_C15NANNANT02.10 OP01
1417ps8-m10_A_C15_U16NANNANT01.04 ZZ01
1427ps8-m1_A_C15_U16NANNANT01.03 ZZ01
1437ps8-m2_A_C15_U16NANNANT00.97 ZZ01
1447ps8-m3_A_C15_U16NANNANT00.74 OP18
1457ps8-m4_A_C15_U16NANNANT00.70 OP18
1467ps8-m5_A_C15_U16NANNANT00.76 OP18
1477ps8-m6_A_C15_U16NANNANT00.70 OP18
1487ps8-m7_A_C15_U16NANNANT00.95 ZZ01
1497ps8-m8_A_C15_U16NANNANT01.08 ZZ01
1507ps8-m9_A_C15_U16NANNANT00.63 OP18
1517ps8-m10_A_U16_G17NANNANT01.22 BB10
1527ps8-m1_A_U16_G17NANNANT00.94 BB10
1537ps8-m2_A_U16_G17NANNANT01.01 BB10
1547ps8-m3_A_U16_G17NANNANT00.97 BB08
1557ps8-m4_A_U16_G17NANNANT02.00 OP19
1567ps8-m5_A_U16_G17NANNANT02.06 OP19
1577ps8-m6_A_U16_G17NANNANT02.05 OP19
1587ps8-m7_A_U16_G17NANNANT01.21 BB10
1597ps8-m8_A_U16_G17NANNANT00.99 BB10
1607ps8-m9_A_U16_G17NANNANT01.92 OP19
1617ps8-m10_A_G17_G18NANNANT00.94 AB02
1627ps8-m1_A_G17_G18NANNANT00.91 AB02
1637ps8-m2_A_G17_G18NANNANT00.63 BA16
1647ps8-m3_A_G17_G18NANNANT00.60 AA01
1657ps8-m4_A_G17_G18NANNANT00.47 BA10
1667ps8-m5_A_G17_G18NANNANT00.46 BA10
1677ps8-m6_A_G17_G18NANNANT00.52 BA10
1687ps8-m7_A_G17_G18NANNANT01.00 AB02
1697ps8-m8_A_G17_G18NANNANT00.96 AB02
1707ps8-m9_A_G17_G18NANNANT00.52 BA10
1717ps8-m10_A_G18_G19NANNANT00.50 BB16
1727ps8-m1_A_G18_G19NANNANT00.64 AA04
1737ps8-m2_A_G18_G19A-BAB01100.43 AB01
1747ps8-m3_A_G18_G19NANNANT00.52 AA01
1757ps8-m4_A_G18_G19NANNANT00.39 AA01
1767ps8-m5_A_G18_G19NANNANT00.55 BB03
1777ps8-m6_A_G18_G19NANNANT00.36 AA01
1787ps8-m7_A_G18_G19NANNANT00.63 AA04
1797ps8-m8_A_G18_G19NANNANT00.59 AA04
1807ps8-m9_A_G18_G19NANNANT00.49 BB03
1817ps8-m10_A_G19_C20NANNANT00.43 OP24
1827ps8-m1_A_G19_C20NANNANT00.42 OP24
1837ps8-m2_A_G19_C20NANNANT00.47 OP24
1847ps8-m3_A_G19_C20NANNANT00.54 OP24
1857ps8-m4_A_G19_C20NANNANT00.49 OP24
1867ps8-m5_A_G19_C20NANNANT00.49 OP24
1877ps8-m6_A_G19_C20NANNANT00.48 OP24
1887ps8-m7_A_G19_C20NANNANT00.46 OP24
1897ps8-m8_A_G19_C20NANNANT00.49 OP24
1907ps8-m9_A_G19_C20NANNANT00.50 OP24
1917ps8-m10_A_C20_G21NANNANT00.53 OP04
1927ps8-m1_A_C20_G21NANNANT00.59 OP04
1937ps8-m2_A_C20_G21NANNANT00.49 OP04
1947ps8-m3_A_C20_G21NANNANT00.62 OP04
1957ps8-m4_A_C20_G21NANNANT00.56 OP04
1967ps8-m5_A_C20_G21NANNANT00.57 OP04
1977ps8-m6_A_C20_G21NANNANT00.59 OP04
1987ps8-m7_A_C20_G21NANNANT00.60 OP04
1997ps8-m8_A_C20_G21NANNANT00.51 OP04
2007ps8-m9_A_C20_G21NANNANT00.48 OP04
2017ps8-m10_A_G21_G22NANNANT00.47 AA06
2027ps8-m1_A_G21_G22AAwAA01400.20 AA01
2037ps8-m2_A_G21_G22NANNANT00.58 AA11
2047ps8-m3_A_G21_G22NANNANT00.37 AA10
2057ps8-m4_A_G21_G22NANNANT00.36 AA10
2067ps8-m5_A_G21_G22NANNANT00.39 AA10
2077ps8-m6_A_G21_G22NANNANT00.47 BB13
2087ps8-m7_A_G21_G22AAwAA0680.44 AA06
2097ps8-m8_A_G21_G22AAwAA01460.18 AA01
2107ps8-m9_A_G21_G22NANNANT00.35 AA10
2117ps8-m10_A_G22_G23AAwAA01180.53 AA01
2127ps8-m1_A_G22_G23NANNANT00.52 AA01
2137ps8-m2_A_G22_G23NANNANT00.55 AA01
2147ps8-m3_A_G22_G23NANNANT00.60 AA01
2157ps8-m4_A_G22_G23NANNANT00.53 AA01
2167ps8-m5_A_G22_G23NANNANT00.65 AA01
2177ps8-m6_A_G22_G23NANNANT00.55 AA01
2187ps8-m7_A_G22_G23AAwAA01440.42 AA01
2197ps8-m8_A_G22_G23NANNANT00.72 AA01
2207ps8-m9_A_G22_G23NANNANT00.58 AA11

Steps with non-standard or missing atoms have not been assigned, description of conformers is defined in the table.
Definition of torsion angles
step:
Table of conformers

δ1ε1ζ1α2β2γ2δ2χ1χ2μNNCC
step_torsions
ntC_average
Δ torsions
torsion scores

commentsstep confal = NaN
cartesian RMSD = NaN Å
pseudorotation: NA
details: NA
Similarity of step to class averages

Download

Results as csv or json file.
Best NtC fitted to input structure.

Restraints

Restraints file for REFMAC (steps with RMSD <= 0.5Å)
Commands file for MMB (steps with RMSD <= 0.5Å)
Restraints file for Phenix (steps with RMSD <= 0.5Å) [?]

Definitions

Average parameters (csv), esd values (csv), and Cartesian coordinates of conformers.

Download the papers

Description of DNATCO server:
Černý et al., Nucleic Acids Research, 44, W284 (2016).
Definition of conformers:
Schneider et al., Acta Cryst D, 74, 52-64 (2018).
Example of application:
Schneider et al., Genes, 8(10), 278, (2017).

Browse conformers

Return up to random steps in PDB structures ( include large structures )

Show




Color by conformation group (pyramids)

group
visible

Color by NtC (balls)

A

A-B

B-A

B

IC

OPN

Z

N