DNATCO v4.1: results

The Structure of RNA Internal Loops with Tandem AG Pairs: 5'UAGA/3'AGAU

Results of the assignment of 200 detected steps in 10 model(s), can be also downloaded as csv or json file. Average confal 0, percentile 0.

Click a row in table or a step in viewer for analysis of results. Click column headers to sort data.

Define restraints for steps within Å cartesian RMSD, global sigma scaling factor or use per step sigma scaling.

step number	Step name	CANA	NtC	confal	rmsd	NtCs
001	2ky1-m10_A_G1_A2	AAA	AA00	84	0.16	AA00
002	2ky1-m1_A_G1_A2	AAA	AA00	84	0.17	AA00
003	2ky1-m2_A_G1_A2	AAA	AA00	79	0.21	AA00
004	2ky1-m3_A_G1_A2	AAA	AA00	82	0.21	AA00
005	2ky1-m4_A_G1_A2	AAA	AA00	81	0.19	AA00
006	2ky1-m5_A_G1_A2	AAA	AA00	83	0.19	AA00
007	2ky1-m6_A_G1_A2	AAA	AA00	88	0.14	AA00
008	2ky1-m7_A_G1_A2	AAA	AA00	82	0.17	AA00
009	2ky1-m8_A_G1_A2	AAA	AA00	82	0.18	AA00
010	2ky1-m9_A_G1_A2	AAA	AA00	84	0.16	AA00
011	2ky1-m10_A_A2_C3	AAA	AA00	81	0.24	AA00
012	2ky1-m1_A_A2_C3	AAA	AA00	82	0.22	AA00
013	2ky1-m2_A_A2_C3	AAA	AA00	83	0.23	AA00
014	2ky1-m3_A_A2_C3	AAA	AA00	74	0.26	AA00
015	2ky1-m4_A_A2_C3	AAA	AA00	78	0.23	AA00
016	2ky1-m5_A_A2_C3	AAA	AA00	84	0.17	AA00
017	2ky1-m6_A_A2_C3	AAA	AA00	86	0.18	AA00
018	2ky1-m7_A_A2_C3	AAA	AA00	82	0.23	AA00
019	2ky1-m8_A_A2_C3	AAA	AA00	81	0.24	AA00
020	2ky1-m9_A_A2_C3	AAA	AA00	82	0.20	AA00
021	2ky1-m10_A_C3_U4	AAA	AA00	72	0.25	AA00
022	2ky1-m1_A_C3_U4	AAA	AA00	73	0.27	AA00
023	2ky1-m2_A_C3_U4	AAA	AA00	67	0.28	AA00
024	2ky1-m3_A_C3_U4	AAA	AA00	71	0.27	AA00
025	2ky1-m4_A_C3_U4	AAA	AA00	73	0.26	AA00
026	2ky1-m5_A_C3_U4	AAA	AA00	73	0.26	AA00
027	2ky1-m6_A_C3_U4	AAA	AA00	75	0.24	AA00
028	2ky1-m7_A_C3_U4	AAA	AA00	72	0.28	AA00
029	2ky1-m8_A_C3_U4	AAA	AA00	73	0.27	AA00
030	2ky1-m9_A_C3_U4	AAA	AA00	82	0.21	AA00
031	2ky1-m10_A_U4_A5	AAA	AA00	78	0.18	AA00
032	2ky1-m1_A_U4_A5	AAA	AA00	80	0.20	AA00
033	2ky1-m2_A_U4_A5	AAA	AA00	72	0.20	AA00
034	2ky1-m3_A_U4_A5	AAA	AA00	75	0.22	AA00
035	2ky1-m4_A_U4_A5	AAA	AA00	75	0.21	AA00
036	2ky1-m5_A_U4_A5	AAA	AA00	73	0.20	AA00
037	2ky1-m6_A_U4_A5	AAA	AA00	80	0.15	AA00
038	2ky1-m7_A_U4_A5	AAA	AA00	77	0.20	AA00
039	2ky1-m8_A_U4_A5	AAA	AA00	78	0.20	AA00
040	2ky1-m9_A_U4_A5	AAA	AA00	80	0.16	AA00
041	2ky1-m10_A_A5_G6	AAw	AA01	93	0.23	AA01
042	2ky1-m1_A_A5_G6	AAw	AA01	94	0.23	AA01
043	2ky1-m2_A_A5_G6	AAw	AA01	89	0.23	AA01
044	2ky1-m3_A_A5_G6	AAw	AA01	88	0.21	AA01
045	2ky1-m4_A_A5_G6	AAw	AA01	88	0.24	AA01
046	2ky1-m5_A_A5_G6	AAw	AA01	90	0.23	AA01
047	2ky1-m6_A_A5_G6	AAw	AA01	94	0.22	AA01
048	2ky1-m7_A_A5_G6	AAw	AA01	94	0.19	AA01
049	2ky1-m8_A_A5_G6	AAw	AA01	91	0.21	AA01
050	2ky1-m9_A_A5_G6	AAw	AA01	94	0.21	AA01
051	2ky1-m10_A_G6_A7	AAA	AA00	58	0.33	AA00
052	2ky1-m1_A_G6_A7	AAA	AA00	68	0.29	AA00
053	2ky1-m2_A_G6_A7	AAA	AA00	62	0.30	AA00
054	2ky1-m3_A_G6_A7	AAA	AA00	59	0.32	AA00
055	2ky1-m4_A_G6_A7	AAA	AA00	63	0.29	AA00
056	2ky1-m5_A_G6_A7	AAA	AA00	65	0.29	AA00
057	2ky1-m6_A_G6_A7	AAA	AA00	73	0.27	AA00
058	2ky1-m7_A_G6_A7	AAA	AA00	74	0.28	AA00
059	2ky1-m8_A_G6_A7	AAA	AA00	54	0.34	AA00
060	2ky1-m9_A_G6_A7	AAA	AA00	62	0.32	AA00
061	2ky1-m10_A_A7_G8	AAA	AA00	82	0.16	AA00
062	2ky1-m1_A_A7_G8	AAA	AA00	84	0.16	AA00
063	2ky1-m2_A_A7_G8	AAA	AA00	77	0.18	AA00
064	2ky1-m3_A_A7_G8	AAA	AA00	82	0.18	AA00
065	2ky1-m4_A_A7_G8	AAA	AA00	76	0.19	AA00
066	2ky1-m5_A_A7_G8	AAA	AA00	87	0.14	AA00
067	2ky1-m6_A_A7_G8	AAA	AA00	87	0.15	AA00
068	2ky1-m7_A_A7_G8	AAA	AA00	81	0.16	AA00
069	2ky1-m8_A_A7_G8	AAA	AA00	78	0.18	AA00
070	2ky1-m9_A_A7_G8	AAA	AA00	86	0.14	AA00
071	2ky1-m10_A_G8_U9	AAA	AA00	87	0.16	AA00
072	2ky1-m1_A_G8_U9	AAA	AA00	84	0.17	AA00
073	2ky1-m2_A_G8_U9	AAA	AA00	87	0.17	AA00
074	2ky1-m3_A_G8_U9	AAA	AA00	71	0.27	AA00
075	2ky1-m4_A_G8_U9	AAA	AA00	79	0.21	AA00
076	2ky1-m5_A_G8_U9	AAA	AA00	89	0.16	AA00
077	2ky1-m6_A_G8_U9	AAA	AA00	87	0.18	AA00
078	2ky1-m7_A_G8_U9	AAA	AA00	81	0.20	AA00
079	2ky1-m8_A_G8_U9	AAA	AA00	84	0.18	AA00
080	2ky1-m9_A_G8_U9	AAA	AA00	82	0.18	AA00
081	2ky1-m10_A_U9_C10	AAA	AA00	82	0.17	AA00
082	2ky1-m1_A_U9_C10	AAA	AA00	85	0.17	AA00
083	2ky1-m2_A_U9_C10	AAA	AA00	75	0.22	AA00
084	2ky1-m3_A_U9_C10	AAA	AA00	76	0.24	AA00
085	2ky1-m4_A_U9_C10	AAA	AA00	84	0.18	AA00
086	2ky1-m5_A_U9_C10	AAA	AA00	83	0.18	AA00
087	2ky1-m6_A_U9_C10	AAA	AA00	86	0.17	AA00
088	2ky1-m7_A_U9_C10	AAA	AA00	72	0.24	AA00
089	2ky1-m8_A_U9_C10	AAA	AA00	85	0.18	AA00
090	2ky1-m9_A_U9_C10	AAA	AA00	83	0.19	AA00
091	2ky1-m10_A_C10_A11	AAA	AA00	72	0.30	AA00
092	2ky1-m1_A_C10_A11	AAA	AA00	82	0.23	AA00
093	2ky1-m2_A_C10_A11	NAN	NANT	0	0.94	OP04
094	2ky1-m3_A_C10_A11	AAA	AA00	82	0.16	AA00
095	2ky1-m4_A_C10_A11	AAA	AA00	71	0.30	AA00
096	2ky1-m5_A_C10_A11	AAA	AA00	87	0.16	AA00
097	2ky1-m6_A_C10_A11	AAA	AA00	76	0.26	AA00
098	2ky1-m7_A_C10_A11	NAN	NANT	0	0.89	OP04
099	2ky1-m8_A_C10_A11	AAA	AA00	82	0.25	AA00
100	2ky1-m9_A_C10_A11	AAA	AA00	82	0.15	AA00
101	2ky1-m10_B_G12_A13	AAA	AA00	83	0.19	AA00
102	2ky1-m1_B_G12_A13	AAA	AA00	85	0.20	AA00
103	2ky1-m2_B_G12_A13	AAA	AA00	80	0.21	AA00
104	2ky1-m3_B_G12_A13	AAA	AA00	83	0.20	AA00
105	2ky1-m4_B_G12_A13	AAA	AA00	85	0.19	AA00
106	2ky1-m5_B_G12_A13	AAA	AA00	83	0.20	AA00
107	2ky1-m6_B_G12_A13	AAA	AA00	83	0.21	AA00
108	2ky1-m7_B_G12_A13	AAA	AA00	81	0.22	AA00
109	2ky1-m8_B_G12_A13	AAA	AA00	78	0.23	AA00
110	2ky1-m9_B_G12_A13	AAA	AA00	85	0.20	AA00
111	2ky1-m10_B_A13_C14	AAA	AA00	82	0.19	AA00
112	2ky1-m1_B_A13_C14	AAA	AA00	83	0.18	AA00
113	2ky1-m2_B_A13_C14	AAA	AA00	86	0.16	AA00
114	2ky1-m3_B_A13_C14	AAA	AA00	74	0.23	AA00
115	2ky1-m4_B_A13_C14	AAA	AA00	82	0.23	AA00
116	2ky1-m5_B_A13_C14	AAA	AA00	82	0.19	AA00
117	2ky1-m6_B_A13_C14	AAA	AA00	84	0.19	AA00
118	2ky1-m7_B_A13_C14	AAA	AA00	82	0.20	AA00
119	2ky1-m8_B_A13_C14	AAA	AA00	81	0.22	AA00
120	2ky1-m9_B_A13_C14	AAA	AA00	83	0.17	AA00
121	2ky1-m10_B_C14_U15	AAA	AA00	80	0.21	AA00
122	2ky1-m1_B_C14_U15	AAA	AA00	76	0.23	AA00
123	2ky1-m2_B_C14_U15	AAA	AA00	75	0.25	AA00
124	2ky1-m3_B_C14_U15	AAA	AA00	71	0.28	AA00
125	2ky1-m4_B_C14_U15	AAA	AA00	72	0.27	AA00
126	2ky1-m5_B_C14_U15	AAA	AA00	77	0.23	AA00
127	2ky1-m6_B_C14_U15	AAA	AA00	74	0.23	AA00
128	2ky1-m7_B_C14_U15	AAA	AA00	75	0.24	AA00
129	2ky1-m8_B_C14_U15	AAA	AA00	75	0.27	AA00
130	2ky1-m9_B_C14_U15	AAA	AA00	79	0.22	AA00
131	2ky1-m10_B_U15_A16	AAA	AA00	79	0.16	AA00
132	2ky1-m1_B_U15_A16	AAA	AA00	77	0.18	AA00
133	2ky1-m2_B_U15_A16	AAA	AA00	74	0.19	AA00
134	2ky1-m3_B_U15_A16	AAA	AA00	80	0.17	AA00
135	2ky1-m4_B_U15_A16	AAA	AA00	77	0.19	AA00
136	2ky1-m5_B_U15_A16	AAA	AA00	77	0.17	AA00
137	2ky1-m6_B_U15_A16	AAA	AA00	76	0.18	AA00
138	2ky1-m7_B_U15_A16	AAA	AA00	78	0.20	AA00
139	2ky1-m8_B_U15_A16	AAA	AA00	74	0.22	AA00
140	2ky1-m9_B_U15_A16	AAA	AA00	77	0.19	AA00
141	2ky1-m10_B_A16_G17	AAw	AA01	94	0.22	AA01
142	2ky1-m1_B_A16_G17	AAw	AA01	94	0.21	AA01
143	2ky1-m2_B_A16_G17	AAw	AA01	90	0.24	AA01
144	2ky1-m3_B_A16_G17	AAw	AA01	90	0.23	AA01
145	2ky1-m4_B_A16_G17	AAw	AA01	90	0.24	AA01
146	2ky1-m5_B_A16_G17	AAw	AA01	90	0.24	AA01
147	2ky1-m6_B_A16_G17	AAw	AA01	92	0.26	AA01
148	2ky1-m7_B_A16_G17	AAw	AA01	92	0.23	AA01
149	2ky1-m8_B_A16_G17	AAw	AA01	89	0.23	AA01
150	2ky1-m9_B_A16_G17	AAw	AA01	92	0.24	AA01
151	2ky1-m10_B_G17_A18	AAA	AA00	68	0.29	AA00
152	2ky1-m1_B_G17_A18	AAA	AA00	67	0.30	AA00
153	2ky1-m2_B_G17_A18	AAA	AA00	58	0.31	AA00
154	2ky1-m3_B_G17_A18	AAA	AA00	68	0.29	AA00
155	2ky1-m4_B_G17_A18	AAA	AA00	50	0.34	AA00
156	2ky1-m5_B_G17_A18	AAA	AA00	55	0.32	AA00
157	2ky1-m6_B_G17_A18	AAA	AA00	57	0.33	AA00
158	2ky1-m7_B_G17_A18	AAA	AA00	66	0.31	AA00
159	2ky1-m8_B_G17_A18	AAA	AA00	56	0.34	AA00
160	2ky1-m9_B_G17_A18	AAA	AA00	64	0.30	AA00
161	2ky1-m10_B_A18_G19	AAA	AA00	84	0.14	AA00
162	2ky1-m1_B_A18_G19	AAA	AA00	81	0.17	AA00
163	2ky1-m2_B_A18_G19	AAA	AA00	74	0.20	AA00
164	2ky1-m3_B_A18_G19	AAA	AA00	82	0.15	AA00
165	2ky1-m4_B_A18_G19	AAA	AA00	76	0.20	AA00
166	2ky1-m5_B_A18_G19	AAA	AA00	70	0.22	AA00
167	2ky1-m6_B_A18_G19	AAA	AA00	84	0.16	AA00
168	2ky1-m7_B_A18_G19	AAA	AA00	76	0.20	AA00
169	2ky1-m8_B_A18_G19	AAA	AA00	72	0.21	AA00
170	2ky1-m9_B_A18_G19	AAA	AA00	86	0.15	AA00
171	2ky1-m10_B_G19_U20	AAA	AA00	83	0.20	AA00
172	2ky1-m1_B_G19_U20	AAA	AA00	80	0.22	AA00
173	2ky1-m2_B_G19_U20	AAA	AA00	81	0.21	AA00
174	2ky1-m3_B_G19_U20	AAA	AA00	83	0.19	AA00
175	2ky1-m4_B_G19_U20	AAA	AA00	78	0.22	AA00
176	2ky1-m5_B_G19_U20	AAA	AA00	84	0.19	AA00
177	2ky1-m6_B_G19_U20	AAA	AA00	86	0.17	AA00
178	2ky1-m7_B_G19_U20	AAA	AA00	70	0.27	AA00
179	2ky1-m8_B_G19_U20	AAA	AA00	72	0.25	AA00
180	2ky1-m9_B_G19_U20	AAA	AA00	85	0.20	AA00
181	2ky1-m10_B_U20_C21	AAA	AA00	87	0.18	AA00
182	2ky1-m1_B_U20_C21	AAA	AA00	82	0.20	AA00
183	2ky1-m2_B_U20_C21	AAA	AA00	80	0.21	AA00
184	2ky1-m3_B_U20_C21	AAA	AA00	85	0.19	AA00
185	2ky1-m4_B_U20_C21	AAA	AA00	80	0.20	AA00
186	2ky1-m5_B_U20_C21	AAA	AA00	77	0.24	AA00
187	2ky1-m6_B_U20_C21	AAA	AA00	82	0.21	AA00
188	2ky1-m7_B_U20_C21	AAA	AA00	80	0.21	AA00
189	2ky1-m8_B_U20_C21	AAA	AA00	84	0.17	AA00
190	2ky1-m9_B_U20_C21	AAA	AA00	84	0.19	AA00
191	2ky1-m10_B_C21_A22	AAA	AA00	72	0.31	AA00
192	2ky1-m1_B_C21_A22	AAA	AA00	84	0.15	AA00
193	2ky1-m2_B_C21_A22	NAN	NANT	0	0.93	OP04
194	2ky1-m3_B_C21_A22	AAA	AA00	72	0.31	AA00
195	2ky1-m4_B_C21_A22	NAN	NANT	0	0.95	OP04
196	2ky1-m5_B_C21_A22	AAA	AA00	77	0.19	AA00
197	2ky1-m6_B_C21_A22	AAA	AA00	79	0.18	AA00
198	2ky1-m7_B_C21_A22	NAN	NANT	0	0.86	OP04
199	2ky1-m8_B_C21_A22	AAA	AA00	70	0.32	AA00
200	2ky1-m9_B_C21_A22	NAN	NANT	0	0.95	OP04

Steps with non-standard or missing atoms have not been assigned, description of conformers is defined in the table.

step:
Table of conformers

	δ1	ε1	ζ1	α2	β2	γ2	δ2	χ1	χ2	μ	NN	CC
step_torsions
ntC_average
Δ torsions
torsion scores

comments	step confal = NaN cartesian RMSD = NaN Å pseudorotation: NA details: NA

Similarity of step to class averages

Browse conformers

Show

Color by conformation group (pyramids)

Color by NtC (balls)

A

A-B

B-A

B

IC

OPN

Z

N

Results of the assignment of 200 detected steps in 10 model(s), can be also downloaded as csv or json file. Average confal 0, percentile 0.

Download

Restraints

User-based restraints

Definitions

Download the papers

Browse conformers

Show

group
visible