Home or other PDB ID
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Selection mode
 
 
 
 
 
 
Conformers: ABBIImiBZICOPNSYNN
Click the Summary/Torsions/Similar/... tabs for more details.
NMR Structure of the RNA Binding Domain of Human Fox-1 in Complex with UGCAUGU

Results of the assignment of 180 detected steps in 30 model(s), can be also downloaded as csv or json file. Average confal 0, percentile 0.

Your browser does not support the HTML5 canvas tag.
Your browser does not support the HTML5 canvas tag.
Click a row in table or a step in viewer for analysis of results. Click column headers to sort data.
Define restraints for steps within Å cartesian RMSD, global sigma scaling factor or use per step sigma scaling.
step numberStep nameCANANtCconfalrmsd
0012err-m10_B_U197_G198NANNANT00.89 IC01
0022err-m11_B_U197_G198NANNANT00.48 IC03
0032err-m12_B_U197_G198NANNANT00.78 IC01
0042err-m13_B_U197_G198NANNANT01.09 IC03
0052err-m14_B_U197_G198NANNANT00.43 IC01
0062err-m15_B_U197_G198NANNANT00.57 IC01
0072err-m16_B_U197_G198NANNANT00.83 IC03
0082err-m17_B_U197_G198NANNANT00.58 IC03
0092err-m18_B_U197_G198NANNANT00.85 IC01
0102err-m19_B_U197_G198NANNANT00.88 IC03
0112err-m1_B_U197_G198NANNANT00.35 IC01
0122err-m20_B_U197_G198NANNANT01.00 IC03
0132err-m21_B_U197_G198NANNANT01.03 IC03
0142err-m22_B_U197_G198NANNANT00.53 IC03
0152err-m23_B_U197_G198NANNANT00.91 IC03
0162err-m24_B_U197_G198NANNANT00.60 IC03
0172err-m25_B_U197_G198NANNANT00.92 IC03
0182err-m26_B_U197_G198NANNANT01.01 IC03
0192err-m27_B_U197_G198ICLIC01580.45 IC01
0202err-m28_B_U197_G198NANNANT00.94 IC03
0212err-m29_B_U197_G198NANNANT00.92 IC03
0222err-m2_B_U197_G198ICLIC01610.28 IC01
0232err-m30_B_U197_G198NANNANT01.15 IC03
0242err-m3_B_U197_G198NANNANT01.07 IC03
0252err-m4_B_U197_G198ICLIC01580.28 IC01
0262err-m5_B_U197_G198NANNANT00.87 IC03
0272err-m6_B_U197_G198NANNANT00.50 IC03
0282err-m7_B_U197_G198ICLIC03210.60 IC03
0292err-m8_B_U197_G198NANNANT00.71 IC03
0302err-m9_B_U197_G198NANNANT01.18 IC01
0312err-m10_B_G198_C199NANNANT01.02 OP19
0322err-m11_B_G198_C199NANNANT01.09 OP19
0332err-m12_B_G198_C199NANNANT01.04 OP19
0342err-m13_B_G198_C199NANNANT00.95 OP19
0352err-m14_B_G198_C199NANNANT01.00 OP19
0362err-m15_B_G198_C199NANNANT01.06 OP19
0372err-m16_B_G198_C199NANNANT01.01 OP19
0382err-m17_B_G198_C199NANNANT01.00 OP19
0392err-m18_B_G198_C199NANNANT01.00 OP19
0402err-m19_B_G198_C199NANNANT01.02 OP19
0412err-m1_B_G198_C199NANNANT01.02 OP19
0422err-m20_B_G198_C199NANNANT00.98 OP19
0432err-m21_B_G198_C199NANNANT01.04 OP19
0442err-m22_B_G198_C199NANNANT01.03 OP19
0452err-m23_B_G198_C199NANNANT00.99 OP19
0462err-m24_B_G198_C199NANNANT00.94 OP19
0472err-m25_B_G198_C199NANNANT01.02 OP19
0482err-m26_B_G198_C199NANNANT00.89 OP19
0492err-m27_B_G198_C199NANNANT00.98 OP19
0502err-m28_B_G198_C199NANNANT01.00 OP19
0512err-m29_B_G198_C199NANNANT00.94 OP19
0522err-m2_B_G198_C199NANNANT01.00 OP19
0532err-m30_B_G198_C199NANNANT01.01 OP19
0542err-m3_B_G198_C199NANNANT00.99 OP19
0552err-m4_B_G198_C199NANNANT01.05 OP19
0562err-m5_B_G198_C199NANNANT01.02 OP19
0572err-m6_B_G198_C199NANNANT01.08 OP19
0582err-m7_B_G198_C199NANNANT01.00 OP19
0592err-m8_B_G198_C199NANNANT00.99 OP19
0602err-m9_B_G198_C199NANNANT01.01 OP19
0612err-m10_B_C199_A200NANNANT00.94 IC06
0622err-m11_B_C199_A200NANNANT00.84 OP20
0632err-m12_B_C199_A200NANNANT00.88 IC06
0642err-m13_B_C199_A200NANNANT00.89 IC06
0652err-m14_B_C199_A200NANNANT00.81 OP20
0662err-m15_B_C199_A200NANNANT00.97 IC06
0672err-m16_B_C199_A200NANNANT00.86 OP20
0682err-m17_B_C199_A200NANNANT00.93 IC06
0692err-m18_B_C199_A200NANNANT00.88 OP20
0702err-m19_B_C199_A200NANNANT00.94 IC06
0712err-m1_B_C199_A200NANNANT00.96 IC06
0722err-m20_B_C199_A200NANNANT00.87 OP20
0732err-m21_B_C199_A200NANNANT00.80 IC06
0742err-m22_B_C199_A200NANNANT00.86 OP20
0752err-m23_B_C199_A200NANNANT00.97 IC06
0762err-m24_B_C199_A200NANNANT00.97 IC06
0772err-m25_B_C199_A200NANNANT00.84 OP20
0782err-m26_B_C199_A200NANNANT00.94 IC06
0792err-m27_B_C199_A200NANNANT00.99 IC06
0802err-m28_B_C199_A200NANNANT00.91 IC06
0812err-m29_B_C199_A200NANNANT00.95 IC06
0822err-m2_B_C199_A200NANNANT00.93 IC06
0832err-m30_B_C199_A200NANNANT00.95 IC06
0842err-m3_B_C199_A200NANNANT00.82 IC06
0852err-m4_B_C199_A200NANNANT00.86 OP20
0862err-m5_B_C199_A200NANNANT00.87 OP20
0872err-m6_B_C199_A200NANNANT00.85 OP20
0882err-m7_B_C199_A200NANNANT00.87 OP20
0892err-m8_B_C199_A200NANNANT00.94 IC06
0902err-m9_B_C199_A200NANNANT00.88 OP20
0912err-m10_B_A200_U201NANNANT00.49 OP16
0922err-m11_B_A200_U201NANNANT02.06 OP19
0932err-m12_B_A200_U201NANNANT02.07 OP19
0942err-m13_B_A200_U201NANNANT01.16 IC05
0952err-m14_B_A200_U201NANNANT02.00 OP19
0962err-m15_B_A200_U201NANNANT01.16 OP22
0972err-m16_B_A200_U201NANNANT02.54 OP09
0982err-m17_B_A200_U201NANNANT00.47 OP16
0992err-m18_B_A200_U201NANNANT00.48 OP16
1002err-m19_B_A200_U201NANNANT02.04 OP19
1012err-m1_B_A200_U201NANNANT00.49 OP16
1022err-m20_B_A200_U201NANNANT01.24 OP22
1032err-m21_B_A200_U201NANNANT00.48 OP16
1042err-m22_B_A200_U201NANNANT00.50 OP16
1052err-m23_B_A200_U201NANNANT00.49 OP16
1062err-m24_B_A200_U201NANNANT00.47 OP16
1072err-m25_B_A200_U201NANNANT00.46 OP16
1082err-m26_B_A200_U201NANNANT00.82 IC05
1092err-m27_B_A200_U201NANNANT00.51 OP16
1102err-m28_B_A200_U201NANNANT00.47 OP16
1112err-m29_B_A200_U201NANNANT00.82 IC05
1122err-m2_B_A200_U201NANNANT00.46 OP16
1132err-m30_B_A200_U201NANNANT00.48 OP16
1142err-m3_B_A200_U201NANNANT00.47 OP16
1152err-m4_B_A200_U201NANNANT00.50 OP16
1162err-m5_B_A200_U201NANNANT02.08 OP19
1172err-m6_B_A200_U201NANNANT00.51 OP16
1182err-m7_B_A200_U201NANNANT02.57 OP09
1192err-m8_B_A200_U201NANNANT00.46 OP16
1202err-m9_B_A200_U201NANNANT01.18 OP22
1212err-m10_B_U201_G202NANNANT00.79 IC05
1222err-m11_B_U201_G202NANNANT00.87 IC05
1232err-m12_B_U201_G202NANNANT00.82 IC05
1242err-m13_B_U201_G202NANNANT00.86 IC05
1252err-m14_B_U201_G202NANNANT00.83 IC05
1262err-m15_B_U201_G202NANNANT00.77 IC05
1272err-m16_B_U201_G202NANNANT00.80 IC05
1282err-m17_B_U201_G202NANNANT00.78 IC05
1292err-m18_B_U201_G202NANNANT00.79 IC05
1302err-m19_B_U201_G202NANNANT00.85 IC05
1312err-m1_B_U201_G202NANNANT00.76 IC05
1322err-m20_B_U201_G202NANNANT00.79 IC05
1332err-m21_B_U201_G202NANNANT00.81 IC05
1342err-m22_B_U201_G202NANNANT00.76 IC05
1352err-m23_B_U201_G202NANNANT00.74 IC05
1362err-m24_B_U201_G202NANNANT00.78 IC05
1372err-m25_B_U201_G202NANNANT00.77 IC05
1382err-m26_B_U201_G202NANNANT00.75 IC05
1392err-m27_B_U201_G202NANNANT00.81 IC05
1402err-m28_B_U201_G202NANNANT00.80 IC05
1412err-m29_B_U201_G202NANNANT00.76 IC05
1422err-m2_B_U201_G202NANNANT00.76 IC05
1432err-m30_B_U201_G202NANNANT00.78 IC05
1442err-m3_B_U201_G202NANNANT00.74 IC05
1452err-m4_B_U201_G202NANNANT00.74 IC05
1462err-m5_B_U201_G202NANNANT00.83 IC05
1472err-m6_B_U201_G202NANNANT00.79 IC05
1482err-m7_B_U201_G202NANNANT00.81 IC05
1492err-m8_B_U201_G202NANNANT00.76 IC05
1502err-m9_B_U201_G202NANNANT00.77 IC05
1512err-m10_B_G202_U203NANNANT02.43 OPS1
1522err-m11_B_G202_U203NANNANT01.59 OP25
1532err-m12_B_G202_U203NANNANT02.22 OPS1
1542err-m13_B_G202_U203NANNANT02.23 OPS1
1552err-m14_B_G202_U203NANNANT02.37 OPS1
1562err-m15_B_G202_U203NANNANT01.63 OP25
1572err-m16_B_G202_U203NANNANT02.28 OPS1
1582err-m17_B_G202_U203NANNANT01.63 OP25
1592err-m18_B_G202_U203NANNANT01.65 OP25
1602err-m19_B_G202_U203NANNANT01.67 OP25
1612err-m1_B_G202_U203NANNANT01.56 OP25
1622err-m20_B_G202_U203NANNANT02.17 OPS1
1632err-m21_B_G202_U203NANNANT01.55 OP25
1642err-m22_B_G202_U203NANNANT02.23 OPS1
1652err-m23_B_G202_U203NANNANT02.37 OPS1
1662err-m24_B_G202_U203NANNANT01.66 OP25
1672err-m25_B_G202_U203NANNANT02.27 OPS1
1682err-m26_B_G202_U203NANNANT01.75 OP25
1692err-m27_B_G202_U203NANNANT02.40 OPS1
1702err-m28_B_G202_U203NANNANT01.58 OP25
1712err-m29_B_G202_U203NANNANT02.35 OPS1
1722err-m2_B_G202_U203NANNANT01.68 OP25
1732err-m30_B_G202_U203NANNANT01.62 OP25
1742err-m3_B_G202_U203NANNANT01.72 OP25
1752err-m4_B_G202_U203NANNANT02.33 OPS1
1762err-m5_B_G202_U203NANNANT02.25 OPS1
1772err-m6_B_G202_U203NANNANT02.35 OPS1
1782err-m7_B_G202_U203NANNANT02.30 OPS1
1792err-m8_B_G202_U203NANNANT01.72 OP25
1802err-m9_B_G202_U203NANNANT01.67 OP25

Steps with non-standard or missing atoms have not been assigned, description of conformers is defined in the table.
Definition of torsion angles
step:
Table of conformers

δ1ε1ζ1α2β2γ2δ2χ1χ2μNNCC
step_torsions
ntC_average
Δ torsions
torsion scores

commentsstep confal = NaN
cartesian RMSD = NaN Å
pseudorotation: NA
details: NA
Similarity of step to class averages

Download

Results as csv or json file.
Best NtC fitted to input structure.

Restraints

Restraints file for REFMAC (steps with RMSD <= 0.5Å)
Commands file for MMB (steps with RMSD <= 0.5Å)
Restraints file for Phenix (steps with RMSD <= 0.5Å) [?]

Definitions

Average parameters (csv), esd values (csv), and Cartesian coordinates of conformers.

Download the papers

Description of DNATCO server:
Černý et al., Nucleic Acids Research, 44, W284 (2016).
Definition of conformers:
Schneider et al., Acta Cryst D, 74, 52-64 (2018).
Example of application:
Schneider et al., Genes, 8(10), 278, (2017).

Browse conformers

Return up to random steps in PDB structures ( include large structures )

Show




Color by conformation group (pyramids)

group
visible

Color by NtC (balls)

A

A-B

B-A

B

IC

OPN

Z

N